Bonjour Lissou069, je pense pouvoir te répondre car je viens de vivre ta situation.
Pour ma part et après avoir rencontré un comptable de la future AGA à laquelle je vais adhérer, j'ai ouvert un compte perso pour mon activité, j'ai juste mis quelques euros pour pouvoir avoir de suite un chéquier que j'utiliserai quand j'aurai rentré de l'argent de mes remplacements. En attendant je paie avec mon compte perso(familial) et je demande à chaque fois une facture. Ces factures, je les mets dans une pochette et je note rigoureusement ces dépenses dans mon livre de dépenses donné par l'AGA.
Ensuite cela passera dans mes frais pro au moment de ma déclaration si je ne suis pas en micro BNC. Et pour répondre à ta dernière question, perso je dirais que tu n'as pas besoin de te rembourser car au final c'est deux comptes bancaires mais c'est la même bourse! Tu te rembourseras avec ton bénéfice au final, l'essentiel c'est de bien déclarer tes frais pro.
Voilà en espérant t'avoir éclairé. Bonne journée.